C’est en 1961, avec la Loi instituant le ministère des Affaires fédérales-provinciales, que les affaires intergouvernementales canadiennes ont pris naissance en tant qu’entité administrative. Le ministre responsable devait alors favoriser la pleine autonomie provinciale et faciliter la collaboration intergouvernementale dans le respect de la Constitution.
En 1967, la Loi sur le ministère des Affaires intergouvernementales est venue étendre les pouvoirs du ministre à la coordination de toutes les activités du gouvernement du Québec à l’extérieur de la province, incluant celles à l’extérieur du Canada.
En 1974, le ministre s’est vu confier la responsabilité de veiller à ce que soit respectée la compétence constitutionnelle du Québec. La notion d’entente intergouvernementale a aussi été précisée.
En 1984, le Secrétariat aux affaires intergouvernementales canadiennes (SAIC) est créé. Il avait alors été rattaché au ministère du Conseil exécutif, avec le mandat de se charger exclusivement des affaires canadiennes. Cette décision démontrait l’importance grandissante des relations intergouvernementales canadiennes et la priorité accordée à la coordination de celles-ci au plus haut niveau du gouvernement.
En 1988, les responsabilités du SAIC ont été élargies en matière d’analyse des politiques et des lois des autres gouvernements et d’évaluation des implications pour le Québec. Le SAIC est devenu le dépositaire des ententes intergouvernementales canadiennes.
Par la suite, soit en 2002, les modifications apportées à la 
Loi sur le ministère du Conseil exécutif ont précisé notamment la nature des ententes et des organismes concernés.
En octobre 2017, le SAIC est devenu le Secrétariat du Québec aux relations canadiennes (SQRC), afin de consacrer l’élargissement de son mandat au-delà des seules relations entre gouvernements. Le cœur du mandat du SQRC demeure de défendre les intérêts et les compétences du Québec auprès des autres gouvernements au Canada, mais il est aussi de mieux faire connaître et comprendre le Québec auprès de la société civile canadienne et de soutenir la vitalité de la francophonie canadienne.
Une soixantaine d’employés se consacrent à cette mission.
